دانشکده علوم وفناوری های نوین پزشکی
طراحی محاسباتی و ارزیابی بیوانفورماتیکی به عنوان یک کاندید جدید واکسن سرطان پستان
طراحی محاسباتی و ارزیابی بیوانفورماتیکی PRAME+FliC ΔD۲D۳ به عنوان یک کاندید جدید واکسن سرطان پستان
شایع ترین سرطان در زنان در سراسر جهان سرطان سینه است. ایمونوتراپی روشی امیدوارکننده برای درمان موثر بیماران سرطانی است. در میان روش های مختلف ایمونوتراپی، آنتی ژن های تومور، سیستم ایمنی را برای از بین بردن سلول های سرطانی تحریک می کنند. آنتی ژن بیان شده ترجیحی در ملانوم (PRAME) عمدتاً در سلول های سرطان سینه بیش از حد بیان می شود و در بافت های طبیعی بیان نمی شود. FliCΔD۲D۳، به عنوان فلاژلین کوتاه (FliC)، یک آگونیست موثر گیرنده ۵ (TLR۵) با پاسخ های التهابی کمتر است. هدف از مطالعه حاضر استفاده از روش‌های بیوانفورماتیک برای طراحی پروتئین کایمریک در برابر سرطان پستان بود. خواص فیزیکوشیمیایی، حلالیت و ساختارهای ثانویه PRAME + FliCΔD۲D۳ به ترتیب با استفاده از ابزارهای ProtParam، Protein-sol و GOR IV پیش‌بینی شد. ساختار سه بعدی پروتئین کایمریک با استفاده از I-TASSER ساخته شد و با GalaxyRefine، RAMPAGE و PROCHECK پالایش شد. ANTIGENpro و VaxiJen برای ارزیابی آنتی ژنی پروتئین استفاده شد و حساسیت زایی با استفاده از AlgPred و Allergen FP بررسی شد. پپتیدهای اتصال دهنده کمپلکس اصلی بافتی(MHC) و سیتوتوکسیک لنفوسیت های T (CTL) با استفاده از HLApred و CTLpred پیش بینی شدند و در نهایت اپی توپ های پیوسته و ناپیوسته سلول B به ترتیب با استفاده از ABCpred و ElliPro پیش بینی شدند. پایداری و حلالیت PRAME + FliCΔD۲D۳ مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت و ساختارهای ثانویه و سوم آن پیش بینی شد. نتایج نشان داد که پپتیدهای مشتق شده می توانند به MHCs و CTL متصل شوند. پروتئین کایمریک طراحی شده دارای اپی توپ های خطی و ساختاری با میل اتصال بالا به اپی توپ های سلول B است.نتایج نشان داد که PRAME+FliCΔD۲D۳ یک پروتئین کایمریک پایدار و محلول است که می تواند ایمنی هومورال و سلولی را تحریک کند. نتایج به‌دست‌آمده می‌تواند برای ساخت واکسن آزمایشی علیه سرطان سینه مورد استفاده قرار گیرد.
برای مطالعه بیشتر و دسترسی به این مقاله اینجا را کلیک کنید.